Il successore di Tesei è Michiel Bertsch e la sua nomina, per la quale si spese lo stesso Tesei, rappresenta un segno di continuità nella direzione dell’Istituto. Bertsch assume l’incarico nel febbraio del 1997. Matematico olandese, poi trasferito in Italia, dal 1990 è professore di Analisi all’Università di Tor Vergata. Quando viene nominato direttore dell’IAC, Bertsch cerca prima di tutto di capire quale sia la funzione di un istituto di matematica applicata nel CNR. Studia con attenzione la storia dell’Istituto e propone anche lui un ritorno alle origini, perché trova che l’impostazione di Picone, con l’interdisciplinarità, la flessibilità , un senso generale di apertura verso il mondo esterno, è ancora modernissima. Nei tardi anni Novanta, lo spirito iniziale è po’ scomparso e Bertsch cerca di introdurre linee guida che lo ripristinino. Il suo periodo di direzione, però, si intreccia con i rapidi cambiamenti nello scenario della politica della ricerca in Italia. Subito dopo il suo arrivo, Lucio Bianco diventa presidente del CNR e vara la prima grande riforma del Consiglio con il ritorno dell’autonomia degli Istituti. Diventa possibile una migliore pianificazione delle risorse e nel 2001 si hanno un numero consistente di nuove assunzioni e stabilizzazioni. Sempre nel 2001, gli altri tre istituti di matematica del centro-sud, l’Istituto per le Applicazioni della Matematica (IAM) di Napoli, l’Istituto di Analisi Globale ed Applicazioni di Firenze e l’Istituto per le Ricerche di Matematica Applicata di Bari, nel corso del riordino generale dell'Ente, vengono accorpati all'IAC, diventandone così sedi distaccate.
Gli anni successivi vedono il succedersi di altri tentativi di riordino. Il nuovo Ministro dell’Istruzione Letizia Moratti (che sarà in carica dal 2001 al 2006) cambia radicalmente l’impostazione della riforma di Berlinguer. Il presidente Bianco si dimette e dal 2003, e viene sostituito dal commissario Adriano De Maio. L’autonomia degli istituti del mandato di Bianco viene ridimensionata: viene introdotta una struttura dipartimentale, in cui ogni istituto afferisce a un dipartimento. L’IAC ha come riferimento il dipartimento di Materiali e dispositivi, costituito prevalentemente da istituti di fisica, anche se ha molteplici attività anche con i biologi, con studiosi dei beni culturali etc. Alla fine del commissariamento, nel luglio 2004, Fabio Pistella viene nominato presidente del CNR.
Sotto la sua presidenza, la storica sede romana dell’Istituto in viale del Policlinico, viene venduta e Pistella prospetta anche il trasferimento dell’IAC a Montelibretti, lontano dal centro di Roma. Un progetto che, però, non si realizza grazie alla nomina di Luciano Maiani a presidente del CNR nel 2008. Sotto la direzione Bertsch, inizia la confluenza dell’IAC verso Via dei Taurini, sede attuale. La sua direzione si conclude il 30 aprile 2014.
