Il peggioramento, nel corso del tempo, della situazione bellica italiana si riflette anche sul CNR. Nel settembre del 1941 cambia la Presidenza dell’ente: a Badoglio subentra Giancarlo Vallauri che lascerá poi la sua poltrona a Francesco Giordani nel 1943. Nello stesso anno, un nuovo decreto riordina ancora l’ente, aggiungendo ai suoi giá difficili problemi di immobilismo un’ulteriore burocratizzazione. Con i drammatici avvenimenti del giugno-luglio 1943 e dell’8 settembre, l’attivitá del CNR subisce un momento di arresto. Il primo dicembre 1943, il CNR viene trasferito a Venezia. L’INAC resta però a Roma, a eccezione di alcuni membri della sezione di balistica.
Questa permanenza è il risultato della grande abilità argomentativa di Picone che non solo non fa traslocare l’INAC (sottolineando che non è possibile ricostruire dall’oggi al domani la rete scientifica tessuta fino ad allora) ma pone le basi per il rilancio dello stesso istituto che da Roma potrà essere decisivo nella fase di ricostruzione del Paese dopo la fine della guerra. L’indisponibilità della sede centrale del CNR obbliga intanto il personale INAC a lavorare in alcune sale concesse dall’Accademia d’Italia, mentre le “macchine” vengono messe in salvo disperdendole nelle abitazioni private del personale o di amici.
Qualche anno dopo, nel 1945, proprio questo gesto, il rifiuto di spostare la sede a Venezia, sarà molto probabilmente alla base del proscioglimento di Picone da parte della Commissione per l’epurazione del personale universitario (dopo il deferimento dello stesso Picone e di tutti i matematici di Roma da parte dell’Alto Commissario per le sanzioni contro il fascismo).
Nel 1944, il matematico Guido Castelnuovo (immagine a sinistra) viene nominato commissario straordinario dal CNR, con il compito di organizzare il personale (anche in base alle epurazioni in corso). Il commissariamento dura quattro mesi, e a dicembre 1944, Castelnuovo viene sostituito dal nuovo presidente, Gustavo Colonnetti (immagine a destra). In due mesi, Colonnetti mette a punto un nuovo ordinamento dell’ente.
Il 31 dicembre del 1945, il Presidente del CNR e il Rettore dell’Università di Roma firmano la convenzione, di durata quinquennale e rinnovabile tacitamente, per “l’istituzione di un Centro di studio per le Applicazioni del Calcolo” con la direzione che poteva essere affidata a “un matematico di chiara fama, particolarmente esperto nelle materie che formano oggetto dell’attività del Centro”. Durante la prima attuazione della Convenzione, tuttavia, il Centro restava indiscutibilmente nelle mani di Picone. Le apparecchiature dell’INAC passano in dotazione al Centro, pur restando di proprietà del CNR. Anche in questa fase, Mauro Picone si distingue per le sue eccellenti qualità di talent scout, portando nel Centro non soltanto la maggior parte del vecchio personale dell’INAC ma anche alcuni giovani di qualità come il già ricordato Aldo Ghizzetti, Gaetano Fichera e il polacco Wolf Gross.
All’indomani della guerra, la riconversione dell’INAC si fonda su lavori utili alla ricostruzione del Paese: calcoli per il cemento armato, degli sforzi nelle grandi dighe di sbarramento, etc. Quest’ultima attivitá , in particolare, porta a sviluppare nuovi metodi di integrazione per i sistemi di equazioni a derivate parziali.
